繼上一次的怪獸高燃對戰之后，金剛和哥斯拉將再度聯手對抗一個潛伏在世界中的巨大威脅，并逐步探索這些巨獸們的起源以及骷髏島等地的奧秘。同時，上古之戰的面紗也將會被揭曉，而正是那場戰斗創造出了這些超凡的生物，并深刻影響了人類世界的命運。