當一個神秘人物開始以國家煉金術士為目標,指責他們犯下褻瀆上帝的罪行時,煉金術士愛德華·艾爾利克和他的兄弟阿爾馮斯正處于最脆弱的時刻,與此同時,人造人開始再次顯露出自己的真面目。